Blue Dragon raconte les aventures de Shû, un jeune garçon issu d’une lignée de guerriers légendaires. Il découvre un jour qu’il possède une « ombre » qui peut se transformer en un dragon bleu géant. Il rencontre alors une fille, Zora, qui recherche d’autres descendants, comme lui, de ces « Guerriers de la Lumière ». Avec d’autres individus qu’ils vont croiser, ils chercheront à percer le secret de cette légende des Blue Dragon.